淮安地处大运河与淮水交汇处，南接长江，东近大海，为“江淮之要津，漕渠之喉吻“，对明朝的国家粮食安全至关重要。
所以，朱棣的船厂选址有更高层次的战略考虑，木材采办之远近，反成次要因素。
当然，淮安的漕运造船业中心地位，并非是在一开始就确立的。
永乐年间，朝廷曾分别在淮安及山东运河城市临清兴建清江、长乐、龙江三船厂。
在当时，清江船厂负责制造南京、湖广、江浙等南方地区的内河漕船，长乐、龙江船厂则分别负责制造用作海运的遮洋船，以及郑和船队的大型海船。
后来经过近百年风雨辗转，随着下西洋行动的终止，长乐、龙江管理日渐松散，造船质量参差不齐，甚至发生厂家中途拆旧船充数，或卖船卷款而逃的荒唐事。
直到嘉靖三年，经工部尚书上奏廷议，决定裁撤长乐和龙江两大船厂，将其下属所剩的十八个分厂完全并入清江船厂，与清江原来辖下的京卫、中都、直隶三大厂并列。
这，便是如今这个规模极大的清江督造船厂的由来。
也是在嘉靖一朝以后，大明彻底放弃远洋海船的建造，全部的战船都选取内河漕船，水师力量也开始停滞不前。
清江督造船厂一跃成为唯一的国营漕运造船厂，其他地方造船厂，虽仍归属地管理，但计料修造，都要受清江督造总厂监管指导。
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